Меншиков бастион располагается в северо-восточной части Заячьего острова между Кронверкской и Петровской куртинами Петропавловской крепости. В состав музея, кроме бастиона Меншикова, а это шпиц, аппарель, правый и левый фланки, часть помещений Кронверкской и Петровской куртин, войдет и выявленный объект культурного наследия "Вал деревоземляной крепости 1703 года на объекте "Шпиц Меншикова бастиона Петропавловской крепости".
Основные показы будут как раз в шпице Меншикова, который разделен на две зоны - археологических раскопок и деревоземляной крепости, относящейся к Петровской эпохе. В Петровской куртине расположатся помещения для временных выставок, лектория, открытого фондохранилища. Входить в музей посетители смогут с внутренней стороны правого фланка бастиона.
Деревоземляную Петропавловскую крепость заложили в мае 1703 года. Меншиков бастион поставили на ряжи, то есть на деревянные срубы, которые использовались в качестве фундамента. На них насыпали семиметровые земляные валы. Через три года на месте деревоземляной крепости начали строить каменную. В 1730-м закончили возведение каменного бастиона Меншикова.