Был горяч, вспыльчив. 3 ноября 1919 года за самовольную приостановку наступления снят Буденным с командования дивизией. Но в августе 1920 года за очередные боевые заслуги возвращен на должность командира. Летом 1925 года активно участвовал в подавлении повстанческого движения на территории Чечни. Военная карьера развивалась стремительно: командир кавалерийского корпуса в Среднеазиатском военном округе, заместитель командующего Белорусским военным округом, командующий войсками Среднеазиатского военного округа. Упорно занимался самообразованием, имея за плечами лишь трехлетнюю церковно-приходскую школу. В тридцатые годы закончил высшие академические курсы, а затем Военную академию имени Фрунзе. В 1937-м, по свидетельству Н.С. Хрущева, допрашивался по делу о "заговоре Тухачевского".. Но, по всей видимости, Сталин пожалел старого знакомца, с которым вместе воевали еще под Царицыном…
Мы еще вспомним эту деталь…
В феврале 1941 года Апанасенко, уже командуя Дальневосточным фронтом, стал генералом армии, четвертым в РККА. Главнейшей задачей фронта была отправка войск, вооружений и боеприпасов в действующую армию. Апанасенко приказал мобилизовать весь подвижной железнодорожный состав и отправлять воинские эшелоны на запад со скоростью курьерских поездов. С июня по декабрь 1941 года Дальневосточный фронт передал на фронт 13 дивизий (8 стрелковых, 4 танковых, 1 моторизованную).
После этого в составе Дальневосточного фронта остались лишь штабы и всего одна (!) полнокровная дивизия.
Но вместо убывших на фронт соединений Апанасенко без указаний из Москвы стал формировать новые дивизии. Объявленная всеобщая мобилизация всех возрастов вплоть до 55 лет не дала необходимого контингента. Тогда Апанасенко приказал прокуратуре пересмотреть личные дела всех заключенных и кого можно отправить в войска.
А в начале октября, самые критические дни для Москвы, когда вермахт вышел на подступы к столице, Апанасенко вместе с несколькими другими военными и политическими дальневосточными руководителями был вызван к Сталину.
По воспоминаниям первого секретаря Хабаровского крайкома партии Г.А.Боркова, Верховный Главнокомандующий без прикрас обрисовал тяжелую обстановку на фронте и отметил, что вынужден забрать войска с Дальнего Востока. Он перечислял по списку номера дивизий. Апанасенко тут же писал приказ, и зашифрованная телеграмма немедленно отправлялась в штаб Дальневосточного фронта в Хабаровск. Но когда Сталин потребовал отослать на запад все противотанковые орудия, Апанасенко вскочил со стула и закричал:
- Ты что? Ты что делаешь?! Мать твою так-перетак! А если японец нападет, чем я буду защищать Дальний Восток? Этими лампасами?! - и ударил себя руками по бокам. - Снимай с должности, расстреливай, орудий не отдам!
В кабинете, по свидетельству первого секретаря Боркова, наступила мертвая тишина. Неожиданно для присутствующих раздался негромкий голос Сталина: "Успокойся, успокойся товарищ Апанасенко! Стоит ли так волноваться из-за этих пушек? Оставь их себе…"
А при прощании Сталин отказал в просьбе Апанасенко отправить его в действующую армию: "Нет, нет, такие храбрые и опытные, как ты, нужны партии на Дальнем Востоке".
Просьбу генерала удовлетворили только в июне 1943 года. Апанасенко стал заместителем командующего Воронежским фронтом Николая Федоровича Ватутина, действовавшего на южном фасе Курской дуги. Генерал армии Апанасенко активно включился в подготовку к предстоящему отражению немецкого наступления и грядущему контрудару. Часто выезжал в войска. Нередко руководил боевыми действиями.
5 августа, возвращаясь с командного пункта 21-й армии генерала И. М. Чистякова, Иосиф Родионович был смертельно ранен осколком немецкой авиабомбы. Его похоронили в Белгороде. И уже много позже, согласно завещанию, прах был перезахоронен в Ставрополе. В могилу Апанасенко унес загадку беспрецедентной терпимости Верховного Главнокомандующего, публичного выстеганного отважным дальневосточным генералом…