Храм в честь Благовещения Богородицы возводили, как свидетельствуют летописи, псковские мастера в течение пяти лет. Над реконструкцией Кремля в то время трудились архитекторы из Италии, но для возведения Благовещенского собора пригласили русских строителей.
Перед зодчими стояла непростая задача: гармонично вписать храм в готовый архитектурный ансамбль итальянских архитекторов. И они прекрасно с ней справились.
18 (9) августа 1489 года, после завершения строительства, собор в честь праздника Благовещения Пресвятой Богородицы был освящен митрополитом Московским и всея Руси Геронтием.
Первоначально храм имел три главы и с четырех сторон был окружен крытыми галереями - папертями. Собор серьезно пострадал во время пожара 1547-го года. Восстанавливать его начали только спустя 17 лет.
К основному храму, по приказу царя Ивана IV Грозного, были пристроены четыре придела с куполами, а с восточной стороны надстроены две главы. Купола и кровлю покрыли медными позолоченными листами. Так сложился облик девятиглавого собора, который мы привыкли видеть сегодня.
В 1572 году к собору было достроено крыльцо. Дело в том, что к тому времени Иван Грозный женился в четвертый раз, что не допускалось православной церковью, и потерял право молиться в храме. Молился он на специально для этого построенном крыльце, которое стало называться "Грозненским".
Благовещенский собор был домовой церковью великих князей и царей на протяжении столетий. А его настоятель традиционно являлся духовником царя. В документах XVI-XVII веков Благовещенский собор называли "храмом на государевом дворе". Его здание входило в комплекс великокняжеского, а затем царского дворца, состоявшего из отдельных палат.
В соборе хранились мощи, особо почитаемые иконы, старинные книги, драгоценные сосуды и другие священные реликвии. В праздничные дни от храма начинались шествия на Соборную площадь. Через его крыльцо во время венчания на царство выносили царские регалии.
В иконостасе Благовещенского собора есть иконы, созданные легендарными иконописцами Андреем Рублевым и Феофаном Греком еще в начале XV века. Одной из главных святынь храма стала чудотворная икона "Богоматерь Донская" предположительно авторства Феофана Грека. Сегодня она хранится в Государственной Третьяковской галерее.
В настенной росписи на паперти храма есть изображения древнегреческих мудрецов: Аристотеля, Птолемея, Плутарха, Платона и Сократа. В руках они держат свитки с философскими изречениями, близкими к истинам христианского учения.
Собор очень пострадал во время революционных событий 1917 года. Снарядом было разрушено крыльцо Ивана Грозного, которое так и не было восстановлено.
После перенесения столицы в Москву в марте 1918 года новое правительство разместилось в Кремле. Его территория была закрыта для свободного посещения. Перестали действовать и храмы, в том числе Благовещенский собор. Но его удалось сохранить от разрушения и разграбления. Как музей собор открыл двери для посетителей в 1955 году.
Богослужения в нем были возобновлены только в 1993-м. Сегодня Благовещенский собор, в котором сохранились внутренние помещения приделов с резными белокаменными полами и иконостасы времен Ивана Грозного, входит в комплекс Музеев Московского Кремля. Службы здесь проводят только по особым случаям.