Трояновский работал старшим научным сотрудником Санкт-Петербургского Института истории РАН, занимался изучением Новгородского кремля, участвовал во множествах экспедициях и научных исследованиях. В 1999 году он раскопал склеп графа Аракчеева у подножия памятника Павлу I в селе Грузино и обнаружил его останки вместе с более поздними погребениями времен Великой Отечественной войны.
В 2001 году ученый защитил кандидатскую диссертацию на тему "Новгородский Детинец в X-XV вв: По археологическим данным" (научный руководитель - академик РАН Валентин Янин).
Как отмечают коллеги, Сергей Викторович был увлеченным человеком, активно занимался популяризацией науки. С 2011 года он был председателем Новгородского общества любителей древности. Он опубликовал в отечественных и зарубежных изданиях более 90 работ, выпустил книгу "Великий Новгород: Седмицы истории. 859-1990-е годы".
Губернатор Новгородской области Андрей Никитин отметил, что уход Сергея Трояновского - огромная потеря для исторической науки и Новгородской области: "Он был полон энергии, творческих планов и мог бы еще очень многое сделать. Мы сделаем все, чтобы память о Сергее Викторовиче Трояновском жила на новгородской земле".