Именно тогда по распоряжению начальника Амурской экспедиции Геннадия Невельского его подчиненный лейтенант Николай Бошняк занимался исследованиями Сахалина и северной части Татарского пролива. И летом 1853 года, пройдя на обычной шлюпке вдоль материкового берега пролива, открыл обширный залив со множеством бухт и бухточек. Жившие здесь орочи называли залив Хаджи. Бошняк же дал ему название Императорская Гавань (в настоящее время Советская Гавань). А следом на карте появились поименованные в честь членов императорской фамилии бухта цесаревича Александра, мыс Анастасии, Константиновский залив.
Была описана Бошняком и бухта Ванино, но по неясной причине он не дал ей названия.
Оно появилось у бухты только через 20 лет, когда в этих местах работала экспедиция полковника Л.А. Большева. В ее состав входил военный топограф Иаким Климентьевич Ванин, выполнявший съемку Императорской Гавани и, в том числе, безымянного залива, названного в честь топографа бухтой Ванина.
В начале XX века на берегу этой бухты стояли лишь небольшая лесопилка да две-три рыбалки. Жизнь тянулась неспешно. Но все изменилось 21 мая 1943 года, когда Государственный комитет обороны СССР издал постановление о строительстве железнодорожной линии Комсомольск-на-Амуре - Советская Гавань и морского порта в бухте Ванино. ГКО придавал особое народнохозяйственное и оборонное значение стройке, которая шла в секретном режиме и в основном силами заключенных. Дорога и порт сыграли важную роль летом и осенью 1945 года во время войны с империалистической Японией, когда через Ванино шли военные грузы для завершающих операций Советской армии.
После окончания войны 24 июня 1946 года в порту Находка взорвался пароход "Дальстрой", совершавший регулярные рейсы в Магадан с заключенными на Колыму. После этого зэков стали отправлять через Ванино, когда и появился знаменитый Ванинский транзитно-пересыльный лагерь из 20 зон.
Оказавшиеся в Ванинской пересылке вспоминали: "В бухте Ванино было смешано все: и уголовный мир, дезертиры, власовцы, бандеровцы, и осужденные за военные преступления, и так называемые политические, хотя так их никто не называл - просто "пятьдесят восьмая". Через пересылку прошли многие известные люди - подводник А. Маринеско, журналист и кинооператор А. Сандлер, поэт Н. Заболоцкий, кинодраматург А. Добровольский, писатели В. Янковский, В. Шаламов, художник В. Цымпаков, музыкант Э. Рознер…
А вскоре родилась и песня, ставшая своеобразным гимном тех, кто прошел лагеря ГУЛАГа. Писатель Анатолий Жигулин, тоже магаданский сиделец, писал, что "Ванинский порт" - одна из самых выразительных тюремно-каторжных песен. Особенно если поют колымчане…
- Я помню тот Ванинский порт
- И дым пароходов угрюмый,
- Как шли мы по трапу на борт
- В холодные мрачные трюмы.
Автор первоначального текста неизвестен. В качестве версий называют имена Николая Заболоцкого, Бориса Ручьева, Федора Демина, Константина Сараханова и даже погибшего в 1938 году Бориса Корнилова. Но при множестве вариантов песни неизменным остался ее первый куплет.
Ванинский пересыльный лагерь ликвидировали в 1954 году после смерти Сталина. С этого времени порт развивался как торговый. Его основным предназначением был экспорт грузов в страны Азиатско-Тихоокеанского региона, преимущественно сырой древесины. С 1973 года и по настоящее время ежедневно работает паромная переправа, связавшая материк с сахалинским портом Холмск.
В последние десятилетия порт Ванино перепрофилируется на экспорт каменного угля. Здесь развернуто огромное строительство, в которое вкладываются астрономические суммы. По грузообороту Ванино почти в полтора раза опережает Находку и более чем вдвое - Владивосток.