Его отец, Владимир Владимирович Бортко старший, был театральным режиссером, а мать, Марина Федотовна Захаренко - актрисой. Вскоре родители развелись. Мать повторно вышла замуж за известного украинского драматурга Александра Корнейчука, с которым у будущего режиссера сложились неоднозначные отношения.
Детство и юность Владимира Владимировича прошли в Киеве. Здесь же он поступил в Киевский геологоразведочный техникум. Окончив его, в 19 лет Бортко ушел в армию, после возвращения из которой три года проработал техником-электриком в киевском институте "Военпроект".
Затем Владимир Владимирович поступил в Киевский государственный институт театрального искусства имени И.К. Карпенко-Карого и до 1974 года учился в мастерской режиссеров Родиона Ефименко и Вадима Чубасова. После окончания вуза Бортко в должности ассистента режиссера, а позже режиссера-постановщика начал работать на Киностудии имени А. Довженко.
Свой первый фильм Владимир Владимирович снял в 1975-м. Назывался он "Канал". В картине речь шла об ударных буднях молодых строителей, которые чувствуют себя готовыми к великим свершениям. Режиссерский дебют Бортко сразу был отмечен призами Всесоюзных кинофестивалей: в Киеве - "За лучшее воплощение молодежной темы", и в Свердловске - "За лучший дебют".
После переезда в Ленинград Бортко начал работать режиссером-постановщиком на "Ленфильме", где, среди прочего, поставил драму о расследовании аварии на атомной электростанции под названием "Комиссия по расследованию" (1978). Фильм запомнился сильным актерским составом. В нем снялись Ирина Мирошниченко, Евгений Лебедев, Олег Ефремов, Михаил Боярский.
Но по-настоящему известен режиссер стал благодаря мелодраме "Блондинка за углом", вышедшей в широкий прокат в 1984 году. Главные роли в этом фильме исполнили Андрей Миронов и Татьяна Догилева. За год киноленту посмотрело больше 24 млн зрителей.
Вторая половина 1980-х оказалась для Бортко особенно творчески насыщенной. На экраны вышли фильмы "Без семьи" (1984), "Голос" (1986), "Единожды солгав" (1987). А в ноябре 1988 года по Центральному телевидению был показан двухсерийный художественный телевизионный фильм "Собачье сердце", снятый режиссером по мотивам одноименной повести Михаила Булгакова. Сценарий к картине написала супруга Владимира Бортко, а исполнителями главных ролей стали Евгений Евстигнеев, Борис Плотников и Владимир Толоконников. Фильм Бортко стал самой известной и самой успешной экранизацией "Собачьего сердца". Картина принесла режиссеру всесоюзную славу и мировое признание.
Кадры из фильма "Собачье сердце"В 1989 году фильм "Собачье сердце" был отмечен призом "Золотой экран" на Международном кинофестивале в Варшаве, а также получил Гран-при на Международных фестивалях телевизионных фильмов в Душанбе и Перудже. А в 1990 году Владимир Владимирович и Евгений Евстигнеев, исполнивший роль профессора Преображенского, стали лауреатами Государственной премии РСФСР имени братьев Васильевых.
Несмотря на то, что в 1990-е Бортко продолжал активно снимать фильмы, в глазах миллионов зрителей его главной работой осталась картина "Собачье сердце". Она стала апогеем творческой биографии режиссера.
В 1991-м на экраны вышла военная драма Бортко "Афганский излом", в которой снялся знаменитый итальянский актер Микеле Плачидо. Затем, под псевдонимом Ян Худокормов, Бортко поставил первые серии ставшего чрезвычайно популярным сериала "Улицы разбитых фонарей" по мотивам произведений писателя Андрея Кивинова.
В 2000 году Владимир Владимирович выступил в качестве режиссера, исполнительного продюсера и одного из авторов сценария телесериала "Бандитский Петербург". Вообще, Бортко не раз выступал в качестве сценариста и даже несколько раз снялся в эпизодических ролях в фильмах "Собачье сердце" и "Удачи вам, господа!", сериалах "Бандитский Петербург" и "Мастер и Маргарита".
В 2003 году на экраны вышел телесериал "Идиот" по одноименному роману Федора Достоевского. Бортко был режиссером и сценаристом картины. Главные роли сыграли Евгений Миронов, Владимир Машков, Лидия Вележева, Инна Чурикова и Олег Басилашвили. В том же году сериал был удостоен премий "ТЭФИ" и "Золотой орел" сразу в нескольких номинациях. А в 2004 году создатели сериала получили премию А.И. Солженицына "за вдохновенное прочтение романа".
В декабре 2005-го состоялась премьера еще одного нашумевшего телесериала. На этот раз Бортко рискнул обратиться еще к одному произведению Михаила Булгакова - роману "Мастер и Маргарита". Крайне амбициозная задумка воплотилась в неоднозначный кинопродукт. Оценки критиков были разными, но, несмотря на это, телесериал с Олегом Басилашвили в роли Воланда был удостоен премии "ТЭФИ" в номинации "За лучшую режиссуру" (2006) и специального приза жюри на международном кинофестивале во Франции (2007).
К 200-летию Николая Гоголя Владимир Владимирович снял очередной фильм, основанный на произведении классической русской литературы - "Тарас Бульба", где заглавного персонажа сыграл украинский актер Богдан Ступка. Фильм вызвал полемику в СМИ, а кассовые сборы были весьма скромными.
Бортко пробовал свои силы и на театральных подмостках. В 1993 году на сцене Эрмитажного театра в Санкт-Петербурге он поставил спектакль "Царь Эдип" по одноименной трагедии Софокла. А в 2010-м в петербургском театре "Балтийский дом" состоялась премьера его спектакля "Молот ведьм" по пьесе "Ганс и Гретхен", написанной Бортко в соавторстве с драматургом Александром Червинским.
Владимир Владимирович награжден орденами Почета (2006) и Дружбы (2018), а также имеет благодарность правительства РФ (2016). Он до сих пор продолжает свою кинематографическую и общественную деятельность.