Весной 1922 года Дзержинский ликвидировал комиссарский аппарат. Роль комиссаров перешла к коммунистам‑хозяйственникам, которые должны были взять в руки управление. На совещании в ЦК РКП(б) он рассказал, что именно нужно сделать для улучшения положения дел на транспорте. По мнению Дзержинского, реформирование должно было идти быстрыми темпами, иначе потерю каждого месяца не удастся наверстать годами.
На тот момент коллегия НКПС была не в состоянии провести намеченные реформы, поэтому Дзержинский предложил привлечь в нее экономистов. В итоге было утверждено Положение об административном управлении НКПС. В его обязанности включили решение организационно‑административных вопросов, правовые консультации и защиту интересов наркомата в судебных и административных инстанциях, инспектирование и инструктирование центральных учреждений и местных управлений.
На съезде административных служб НКПС Дзержинский отметил, что если раньше они были канцеляриями, то теперь должны превратиться "в источник и фокус", в котором "сходится коммунистический дух". Он предложил взять на вооружение принципы товарищеского взаимодействия специалистов и коммунистов.
В июне 1922 года Совет труда и обороны РСФСР утвердил Положение о правлениях железных дорог. Этот документ ознаменовал начало перехода управления транспортом от централизма (он достиг пика в военный период) к более экономному ведению железнодорожного хозяйства.
Дзержинский поставил задачу уравнять зарплату транспортников и работников других отраслей - для этого было решено сократить штаты. В апреле 1921 года в НКПС было 1 724 374 сотрудника, а в октябре 1922 года - уже 987 545 человек. В 1923 году сокращение продолжилось: постоянный штатный состав транспорта составил 750 тысяч человек. Дзержинский стремился достичь к ноябрю 1923 года уровня оплаты труда транспортников не ниже 60 % довоенного уровня их среднего заработка.
В июле 1923 года была упразднена должность главного начальника путей сообщения. А в августе Дзержинский сообщил работникам транспорта о предстоящем "всемерном сжатии" и упрощении управленческого аппарата. Его планировалось приспособить к экономическим целям советского государства, перейти на методы научной организации труда.
В итоге Дзержинский децентрализовал и укрепил единство транспортного хозяйства, способствовал росту самостоятельности местных работников. Это позволило сфере транспорта безболезненно перейти к новой экономической политике.
Председатель ВЧК и нарком внутренних дел РСФСР Феликс Дзержинский