Выбрав квалификацию военного инженера, он окончил последовательно Николаевскую инженерную академию и Академию Генерального штаба. В ноябре 1903 года, уже сорокапятилетним, назначен на должность начальника сформированной в Порт-Артуре 7-й Восточно-Сибирской стрелковой бригады.
А через два с половиной месяца разразилась русско-японская война. И генерал возглавил сухопутную оборону крепости.
Формально верховное командование находилось в руках начальника бывшего Квантунского укрепленного района генерал-лейтенанта А.М. Стесселя. Но своей должности, как единодушно сходятся в воспоминаниях участники событий, Анатолий Михайлович не соответствовал: вялый, безынициативный, оказавшись в центре реальных боевых действий, он свалил свои обязанности на тех подчиненных, кто был храбрее и энергичнее.
Рядом, по счастью, оказался Кондратенко.
Маневры меж трех огней
"В Порт-Артуре, - говорил Роман Исидорович, - нелегко маневрировать силами и оружием, но еще труднее маневрировать между тремя превосходительствами", имея в виду в свое непосредственное руководство. Положение ненадолго изменилось с назначением на пост командующего Тихоокеанским флотом вице-адмирала Степана Осиповича Макарова. Прибыв в Порт-Артур, тот быстро оценил способности Кондратенко, однажды признавшись ему:
- Я скоро перестану здесь с кем-либо говорить, кроме вас. Какого вопроса не коснись, все упирается в Кондратенко. Жаль, что вы не моряк.
Русско-японская войнаНо 31 марта 1904 года Макаров погиб, и защитникам Порт-Артура уже трудно было надеяться на помощь флота.
Отец солдатам
Изо дня в день Кондратенко был вынужден браться за решение вопросов, выходивших за пределы его компетенции. Но настойчиво добивался своего. Не случайно Романа Исидоровича называли душой обороны Порт-Артура. Бросалась в глаза его простота в обращении с младшими и отсутствие какого-либо подобострастия к старшим. Он не любил официальных отношений, часто заменяя установленную форму простым письмом или запиской, где вместо титулования - имя-отчество, а сухая подпись смягчалась любезным приветствием.
Но дружеский тон никогда не порождал фамильярности со стороны младших.
Корабли Русско-японской войныВокруг отважного генерала сплотился тесный круг помощников, деятельно работавших над усилением порт-артурской обороны. Вот где пригодилось инженерное образование Кондратенко! В осажденном городе кустарным способом из стреляных гильз мелкокалиберных орудий защитники крепости изготавливали самодельные ручные гранаты. Было налажено производство осветительных ракет, применялись морские мины, скатывающиеся на противника, торпедные аппараты приспосабливались для стрельбы с суши, 47-миллиметровые морские орудия превращались в новый, до того неизвестный ни в одной армии мира грозный вид оружия - минометы, стрелявшие надкалиберными шестовыми минами. Появились электризованные проволочные заграждения, во время ночных боев широко использовались прожекторы, снятые с судов, велась минная война под землей…
Последний шанс
Гарнизон Порт-Артура составлял около 55 тысяч солдат и моряков. Японцы же стянули к осажденному городу свыше 200 тысяч солдат. И тем не менее под началом Кондратенко защитники крепости с августа по ноябрь 1904 года отразили четыре яростных штурм. Когда резервов не хватало, Кондратенко снимал войска с других участков оборонительной линии. При этом Роман Исидорович прекрасно понимал, что при столь крупном численном превосходстве неприятеля Порт-Артур рано или поздно обречен на падение.
Еще в сентябре, после второго штурма, он в секретном письме призвал коменданта крепости генерала Стесселя донести до Николая II реальное положение дел: крепость обречена, вместе с нею погибнет русская Тихоокеанская эскадра, и война будет проиграна. Роман Исидорович пророчески предупреждал, что это станет мощным ударом по государственному престижу. Единственным выходом Кондратенко считал заключение мира до падения Порт-Артура - и на условиях, не унизительных для российского народного самолюбия.
Однако Стессель струсил и письмо Кондратенко осталось лежать в бумагах коменданта...
Последний бой
В октябре 1904 года японцы пошли на третий штурм города и снова были отброшены. Но кольцо осады сжималось. В середине ноября начался четвертый штурм. 15 декабря Кондратенко выехал на форт № 2, подвергшийся очередной атаке противника. Едва он закончил осмотр и зашел в офицерский каземат, как 11-дюймовые японские гаубицы начали обстрел. Один из снарядов, пробив потолок каземата, разорвался внутри. Кондратенко и семь офицеров погибли.
Русские воины в японском плену, 1904-1905 годыА 2 января 1905 года генерал Стессель, и сменивший Кондратенко генерал Фок сдали город японцам…
Беспамятье
В 1905 году, вскоре после окончания войны, прах Романа Исидоровича Кондратенко был перевезен в Санкт-Петербург и торжественно захоронен в Александро-Невской лавре. В честь доблестного генерала был установлен обелиск в Николаевском инженерном училище. Именем Кондратенко назвали корабль Балтийского флота и 25-й Восточно-Сибирский стрелковый полк, который после войны дислоцировался в Иркутске.
Увы, в годы революционных потрясений "душа обороны Порт-Артура" была предана забвению. Фамильный склеп в Александро-Невской лавре разграбили и уничтожили, обелиск снесли. И только после Великой Отечественной войны на могиле Романа Исидоровича появилась небольшая колонна с георгиевским крестом…