Родители будущего поэта жили небогато, все свои сбережения вкладывали в образование Даниила Ивановича и его сестры Елизаветы: нанимали им педагогов по немецкому и английскому языкам, преподавателей музыки, гувернанток. В 12 лет мальчик поступил в старейшую школу Петербурга - Петришуле (также встречается вариант Петершуле). Учился Хармс очень плохо. Преподаватели считали его ленивым и слабым учеником, а одноклассники с упоением рассказывали о странностях, которые он творил. Даниил Иванович мог принести в класс валторну и играть на ней во время урока, или, например, убеждал учителя не ставить ему двойку - "не обижать сироту". Хотя все прекрасно знали, что у мальчика есть родители.
В итоге, в ведомости за 1921/22 учебный год было написано: "Должен оставить школу". Хармса перевели во 2-ю Единую трудовую школу в Детском селе (ранее - Царское село, сейчас - город Пушкин). Директором там была его тетя - Наталья Ювачева. В школе часто ставили спектакли, устраивали литературные вечера. Даниил Хармс был их завсегдатаем.
Во время учебы в Единой трудовой школе юноша начал писать первые стихи и каламбуры. И примерно тогда же придумал себе псевдоним "Хармс", о происхождении которого исследователи творчества поэта спорят до сих пор. Выдвигают самые разные версии. Кто-то считает, что он может происходить от английских слов charm - "обаяние" или harm - "вред". Другие же утверждают, что на такой псевдоним Даниила Ювачева вдохновила его учительница по немецкому языку в Петришуле Елизавета Хармсен. Вообще у Хармса был не один псевдоним. На страницах его рукописей их около сорока. Самые известные: Ххармс, Хаармсъ, Дандан, Чармс, Карл Иванович Шустерлинг.
Закончил школу Даниил Иванович в 1924 году. После этого его приняли в Первый ленинградский электротехникум, но за учебу пришлось платить. На занятия Хармс почти не ходил, много времени проводил за чтением. Особенно любил творчество Андрея Белого, Томаса Манна, труды филолога Виктора Шкловского, психиатра Владимира Бехтерева. Выступал на поэтических вечерах - читал и свои произведения, и стихи других авторов, в том числе Маяковского и Северянина.
О своем творческом принципе Хармс говорил просто: "Меня интересует только "чушь", только то, что не имеет никакого практического смысла. Меня интересует только жизнь в своем нелепом проявлении". Таким же смелым и эксцентричным был и внешний облик поэта. "Высокий, долговязый, с весьма серьезным лицом и с тросточкой, увенчанной старинным автомобильным клаксоном с резиновой черной "грушей". Он невозмутимо шагал с дымящейся трубкой в зубах, в коротких штанах с пуговичками пониже колен, в серых шерстяных чулках, в черных ботинках. В клетчатом пиджаке. Шею подпирал белоснежный твердый воротничок с детским шелковым бантом", - так описал Даниила Ивановича его знакомый и будущий соратник по ОБЭРИУ Климентий Минц. Даже своим таксам Хармс давал весьма необычные имена. Одну звали "Бранденбургский концерт", другую - "Чти память дня сражения при Фермопилах" (сокращенно - "Чти").
Осенью 1927 года группа писателей во главе с Хармсом сформировалось в объединение, названное ОБЭРИУ ("Объединение реального искусства"). В него, помимо Даниила Ивановича, вошли Александр Введенский, Николай Заболоцкий, Константин Вагинов, Игорь Бахтерев, Дойвбер Левин, Климентий Минц.
В журнале "Афиши Дома печати" они опубликовали декларацию ОБЭРИУ, в которой провозгласили себя "новым отрядом левого революционного искусства". Участники "отряда" отказывались и от языка зауми, который придумал поэт-футурист Алексей Крученых, и от реализма. Обэриуты писали в своей декларации: "Мы - поэты нового мироощущения и нового искусства. Мы - творцы не только нового поэтического языка, но и созидатели нового ощущения жизни… Может быть, вы будете утверждать, что наши сюжеты "не-реальны" и "не-логичны"? А кто сказал, что "житейская" логика обязательна для искусства?". Искусство абсурда был их главным методом. В поэтических произведениях обэриуты "отменяли" логику и общепринятое времяисчисление, противопоставляли отдельные части вполне реалистичных сочинений так, что они переставали быть таковыми.
Кульминацией деятельности "Объединения реального искусства" стал вечер под названием "Три левых часа", состоявшийся 24 января 1928 года. На этом театрализованном представлении обэриуты представили пьесу Хармса "Елизавета Бам" и фильм режиссеров Александра Разумовского и Климентия Минца "Мясорубка", а также все участники ОБЭРИУ читали публике свои произведения. Все билеты на вечер были раскуплены заранее. Зрителей было много, но многие из них остались недовольны представлением. В "Красной газете" была опубликована разгромная статья Лидии Лесной под заголовком "Ытуеребо". В статье она подчеркивала, что никто из зрителей ничего не понял.
Когда Хармс вместе с другими обэриутами решил издать стихотворный сборник, цензура его не пропустила. Выход предложил Самуил Маршак: он пригласил их в Ассоциацию писателей детской литературы. Для многих это был единственный шанс быть опубликованными. Так Даниил Хармс начал писать стихи и рассказы для детей. Поэт отмечал: "В область детской литературы наша группа привнесла элементы своего творчества для взрослых".
С конца 1920-х по конец 1930-х Хармс активно сотрудничал с детскими журналами "Еж", "Чиж", "Сверчок", "Октябрята". Там публиковались его стихи и рассказы, подписи к рисункам, шуточные рекламы и головоломки. Параллельно с этим у поэта вышло 9 иллюстрированных книжек стихов и рассказов для детей: "Озорная пробка", "О том, как Колька Панкин летал в Бразилию, а Петька Ершов ничему не верил", "Театр", "Во-первых и во-вторых", "Иван Иваныч Самовар", "О том, как старушка чернила покупала", "Игра", "О том, как папа застрелил мне хорька", "Миллион".
1930-е оказались для Хармса непростым временем. В декабре 1931-го поэта вместе с его единомышленниками по ОБЭРИУ арестовали по обвинению в участии в антисоветской группе писателей, которые вели контрреволюционную деятельность. Даниила Ивановича приговорили к трем годам исправительно-трудовых работ в концлагере. Однако его отец добился смягчения приговора: вместо концлагеря Хармса отправили в ссылку и даже разрешили выбрать город для отбывания срока. Поэт выбрал Курск, где уже к тому времени находился Введенский, получивший аналогичный приговор.
В курской ссылке Хармс написал два автобиографических рассказа: "Мы жили в двух комнатах…" и "Я один…". Осенью 1932 года поэт вернулся в Ленинград, жил бедно, печатался редко, писал в основном прозу. Тем не менее, в конце 1930-х поэт создал свои главные взрослые произведения: цикл рассказов "Случаи" и повесть "Старуха".
23 августа 1941 года Хармс был вновь арестован. На этот раз за распространение "клеветнических и пораженческих настроений". На основе доноса было написано обвинительное заключение, определившее судьбу поэта. Хотя кроме доноса никаких других свидетельств "пронемецких" настроений Хармса выявлено не было.
Чтобы избежать расстрела, Даниил Иванович симулировал сумасшествие и был определен в психиатрическое отделение больницы тюрьмы "Кресты", где умер 2 февраля 1942 года во время блокады Ленинграда. Похоронен легендарный обэриут и гений абсурда в братской могиле на Пискаревском кладбище.
Хармс был реабилитирован в 1960 году по ходатайству его сестры Елизаветы Грициной. Генеральная прокуратура признала поэта невиновным.