Дубна располагается на берегу Волги и ограничена реками Дубна и Сестра, каналом имени Москвы и Иваньковским водохранилищем.
Некоторые историки датируют первое упоминание о поселении с названием Дубна 1134 годом. Считается, что князь Юрий Долгорукий в устье реки Дубны на границе ростово-суздальских и новгородских земель заложил крепость, ставшую пограничным постом и таможенным пунктом на торговом пути. Вокруг крепости разрослось поселение, которое просуществовало примерно до первой трети XIII века и, скорее всего, было уничтожено во время монголо-татарского нашествия. Позже на этом месте продолжало существовать село, которое вошло в состав современной Дубны.
История же современной Дубны связана с историей советского Атомного проекта. 11 февраля 1943 было выпущено секретное распоряжение Государственного комитета обороны о начале практических работ по созданию атомной бомбы - Атомного проекта СССР. По инициативе руководителя этого проекта - "отца" советской атомной бомбы, академика Игоря Васильевича Курчатова, было принято решение построить на реке Дубна мощный ускоритель частиц - синхроциклотрон.
В августе 1946 года вышло соответствующее постановление правительства СССР. Для сохранения секретности объект был назван "Гидротехническая лаборатория" (ГТЛ), а в документах фигурировал как "установка "М"". Строительство началось рядом с деревней Ново-Иваньково в районе Иваньковской ГЭС. Параллельно была развернута широкая программа фундаментальных и прикладных исследований в области атомной энергетики.
В 1949 году синхроциклотрон успешно запустили. На тот момент это был самый мощный ускоритель заряженных частиц в мире. Его еще называли "Голиафом" научных установок своего времени. Естественно, что вокруг синхроциклотрон стал формироваться научный городок, в 1954 году получивший статус рабочего поселка. Сначала его почему-то назвали Дубно.
26 марта 1956-го между правительствами 11 европейских и азиатских социалистических государств (в том числе Польши, Чехословакии и Китая), по инициативе СССР, было подписано соглашение об образовании в поселке Объединенного института ядерных исследований (ОИЯИ). Он был создан на базе уже существовавших здесь двух научных учреждений. Именно это событие стало главной причиной преобразования поселка в город, что и произошло в июле 1956 года.
Причем в указе президиума Верховного Совета РСФСР "О преобразовании рабочего поселка Дубно Калининской области в город областного подчинения" в названии все еще сохранялась буква "О". И только 8 января 1958 года вышел указ, в котором на конце появилась привычная "А". Так что название города стало соответствовать реке, на берегу которой он находится.
В сентябре 1956 года границы Дубны расширили. В состав нового города были включены поселок Большая Волга и несколько деревень - Александровка, Козлаки, Ново-Иваньково, Ратмино и Юркино. А в декабре 1960 года в состав Дубны вошел еще и расположенный рядом город Иваньково.
ОИЯИ, ставший "нашим ответом" на создание ранее в Женеве Европейского центра ядерных исследований, быстро превратился в гигантскую "кузницу открытий", центром притяжения для ученых со всего мира. Здесь синтезировали новые элементы таблицы Менделеева. Так появились дубний (105), названный в честь города; флеровий (114), названный в честь одного из основателей ОИЯИ, физика-ядерщика Георгия Флерова; оганесон (118), названный в честь научного руководителя Лаборатории ядерных реакций ОИЯИ, академика Юрия Оганесяна. Изучали управляемый термоядерный синтез. Проводили эксперименты, менявший представления о материи. ОИЯИ участвовал в создании Байкальского нейтринного телескопа - одного из главных проектов в астрофизике. А строительство в Дубне синхроциклотрона и, затем, синхрофазотрона сыграло значительную роль в развитии физики.
Известный физик-теоретик Николай Боголюбов называл Дубну "научным островом свободы", поскольку здесь можно было обсуждать идеи, которые в других местах казались фантастикой. Также уместно было бы назвать ее "городом физиков", а также местом, где наука делалась не ради отчетов, а ради будущего. ОИЯИ превратился в место, где свободно общались ученые из капиталистических и социалистических стран - оазис в пустыне идеологического противостояния.
Новым импульсом развитию Дубны стало строительство приборного завода "Тензор", начавшееся в 1969 году. В 1973-м предприятие уже выпустило первую продукцию - приборы для атомных электростанций Советского Союза и стран членов СЭВ.
Через три года после этого был создан НИИ "Атолл" для разработки систем контроля за подводной и надводной обстановкой на различных акваториях Советского Союза. В 1977-м на окраине Дубны начали возводить новый объект - "Азимут-М2", позже преобразованный в Станцию космической связи №2. Кстати, во время проведения московской Олимпиады 1980 года именно станция обеспечивала трансляцию игр на страны Европы и Атлантического региона.
Во время социально-экономического кризиса 1990-х основные усилия администрации Дубны были сосредоточены на сохранении интеллектуального потенциала города, его научно-исследовательской базы. Поэтому началась разработка и реализация программы "Технополис Дубна", основными результатами которой стало сохранение профиля и жизнеспособности градообразующих предприятий, создание Международного университета природы, общества и человека "Дубна" (сейчас - государственный университет "Дубна"), а также введение в эксплуатацию первой в России городской цифровой АТС.
В декабре 2001 года Дубне - крупнейшему в России центру по исследованиям в области ядерной физики - был присвоен статус наукограда. В городе по-прежнему продолжает работу Объединенный институт ядерных исследований, в деятельности которого участвуют физики из разных стран. Приоритетными направлениями остаются: изучение физики элементарных частиц, ядерной физики, изучение новых свойств материалов и механизма действия на живые клетки ионизирующих излучений.
В 2020 году в Дубне был запущен коллайдер NICA, который считают одним из самых мощных в мире и называют "младшим братом" Большого адронного коллайдера.